Предсказание топологии мембранного белка митохондриального АДФ-АТФ транспортера(ADT2_HUMAN).

Гиперссылка на протокол, в котором представлены график и таблица "Топология белка ADT2_HUMAN "

Расположение найденных участков в последовательности белка и предполагаемое положение внутренних петель отражены в документеmarking.msf
Hемного о разметке данного документа:

• последовательность LOOPS_HM соответствует предсказанию, полученному " почти вручную"
• Остальные 2 последовательности отражают предсказание программой TMHMM и данные OPM соответственно.
• Знаками Т выделены а.о., находящие, по представлению данного источника, в мембране.Знаком Н отмечены части альфа-спиралей, включенные в трансмембранные участки в результате выполнения задания 4.
• Знакоми + выделены участки, выходящие в матрикс митохондрии, знаком - выделены участки, выходящие в трансмембранное пространство.

В задании 2 на сервере TMHMM был проведен поиск трансмембранных участков по fasta-последовательности исследуемого белка. Полученные данные о положении ТМ-участков, вида:

inside     1    110
TMhelix   111   133
outside   134   207
TMhelix   208   230
inside    231   297 

занесены в протокол и разметку marking.msf
Визуализация данного TMHMM предсказания представлена ниже.

В задании 3 сравнивали результаты, полученные двумя предыдущими методами с данными OPM. Были получены наиболее полные, и даже УДИВИТЕЛЬНЫЕ данные, так как были предсказаны трансмембранные сегменты не только там, где они были предсказаны с помошью двух предыдущих методов, не только там, где они только предполагались, но и там, где их по определению быть не должно, как, например, участок 73-91 лежит в основном в отрицательной области шкалы гидрофобности.

В задании 4 методом "научного тыка" с помощью програмы RasMol были определены остатки, расположение которых в мембране оставалось не ясным.Также хотелось бы отметить удобство работы с программой WebMol, использованной для визуализации полученных результатов.